交通事故肇事车辆扣留的时间最长不得超过六十日。

法律依据：1、根据《道路交通事故处理程序规定》第三十八条：公安机关交通管理部门应当与检验、鉴定机构约定检验、鉴定完成的期限，约定的期限不得超过二十日。

超过二十日的，应当报经上一级公安机关交通管理部门批准，但最长不得超过六十日。

2、根据《交通事故处理工作规范》第四十九条之规定：对因检验、鉴定需要扣留事故车辆及其行驶证的；

交通警察应当当场制作公安交通管理行政强制措施凭证，交付当事人，并告知当事人扣留车辆、证件的期限。《交通事故处理程序》交警有权扣押事故车辆，最多不超过60天。