《南京市民用建筑工程项目初步设计管理办法》的主要内容如下：

第一条规定，为加强民用建筑工程项目初步设计的管理，保证工程质量与安全，控制工程造价，提高投资效益，根据《中华人民共和国建设工程勘察设计管理条例》、《江苏省工程建设管理条例》、《江苏省建设工程勘察设计管理办法》等法律、法规，结合本市实际，制定本办法。

第二条规定，本市行政区域内的下列民用建筑工程项目，建设单位均应当按照本办法委托编制和报批初步设计文件：

(一)住建部建筑行业工程设计资格分级标准《民用建筑工程设计等级分类表》中2级以上民用建筑工程项目；

(二)建筑面积20万平方米以上的居住区。

第三条规定，南京市住房和城乡建设委员会负责本市民用建筑工程项目初步设计的管理工作。

规划、消防、人防、环保等专业主管部门应当按各自职责做好民用建筑工程项目初步设计相关专业的管理工作。