医疗纠纷协议有效吗：是有效的，双方之间的医疗纠纷协议书系双方真实意思，内容也未违反国家法律强制性规定，具有法律效力，双方应当遵守。

【法律依据】

《合同法》第五十二条，有下列情形之一的，合同无效： （一）一方以欺诈、胁迫的手段订立合同，损害国家利益； （二）恶意串通，损害国家、集体或者第三人利益； （三）以合法形式掩盖非法目的； （四）损害社会公共利益； （五）违反法律、行政法规的强制性规定。