强奸罪直接证据和间接证据的区别在于：

1、对案件主要事实的证明是否具有直接性；

2、取证的难易程度不同；

3、对于其他证据的依赖性不同；

4、证明过程的复杂程度不同。

【法律依据】《刑法》第236条第一款规定，以暴力、胁迫或者其他手段强奸妇女的，处3年以上10年以下有期徒刑。