公司非法经营对于没有参与违法行为的员工奖金一般情况下是不会没收的，如果还没有发放，已经确定员工有这部分奖金；

只是因为时间问题还是没有发，可以要求公司补发，如果公司因为非法经营负责人已经被抓起来了，可以申请劳动仲裁，保护自己的权益。

《刑法》第二百二十五条规定：违反国家规定，有下列非法经营行为之一，扰乱市场秩序，情节严重的，处五年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处违法所得一倍以上五倍以下罚金；

情节特别严重的，处五年以上有期徒刑，并处违法所得一倍以上五倍以下罚金或者没收财产：

（一）未经许可经营法律、行政法规规定的专营、专卖物品或者其他限制买卖的物品的；

（二）买卖进出口许可证、进出口原产地证明以及其他法律、行政法规规定的经营许可证或者批准文件的；

（三）未经国家有关主管部门批准非法经营证券、期货、保险业务的，或者非法从事资金支付结算业务的；

（四）其他严重扰乱市场秩序的非法经营行为。