抵押反担保的操作流程主要如下：

1、办理抵押物登记手续；

2、向登记部门提供主合同和抵押合同、抵押物的所有权或者使用权证书或者复印件；

3、办理抵押登记的部门如下：

（1）以无地上定着物的土地使用权抵押的，为核发该土地使用权证的土地管理部门；

（2）以城市房地产或者乡(镇)、村企业的厂房等建筑物抵押的为县级以上地方政府规定的部门；

（3）以林木抵押的为县级以上林木主管部门；

（4）以航空器、船舶、车辆抵押的为运输工具的登记部门；

（5）以企业的设备和其他动产抵押的为财产所在地的工商行政管理部门。