最主要区别在于前者是非在编人员，后者是在编人员，另外二者的待遇也有所不同。

合同工签的是劳动合同，与单位确定的是劳动关系，受《劳动合同法》的约束。事业编都是签合同的，但是这是聘用合同，其决定的不是劳动关系，而是人事关系，所以其不受《劳动合同法》的约束。

事业编是国家统一拨款，且待遇是合同人员的3倍左右，合同工通常是用人单位内部经费解决，通常待遇要低很多，这就是相当于以前所说的临时工。

【法律依据】

《劳动合同法》第二条，中华人民共和国境内的企业、个体经济组织、民办非企业单位等组织（以下称用人单位）与劳动者建立劳动关系，订立、履行、变更、解除或者终止劳动合同，适用本法。国家机关、事业单位、社会团体和与其建立劳动关系的劳动者，订立、履行、变更、解除或者终止劳动合同，依照本法执行。