建设工程内部承包纠纷的注意事项包括：

1、施工企业要从源头上加强对内部承包人(项目经理)的引进和选择，建立合法有效的劳动关系。

2、完善内部承包合同的内容，在签订合同过程中明确双方权利义务。

3、施工企业要加强对内部承包人的资质管理，对工程项目在管理、技术等方面给予支撑。

【法律依据】《建设工程合同条例》第二百六十九条：建设工程合同是承包人进行工程建设，发包人支付价款的合同。建设工程合同包括工程勘察、设计、施工合同。