工程合同管理制度的内容有：

(一)目的。

(二)适用范围。

(三)职责。

(四)合同的签订。

(五)合同的变更、解除。

(六)合同的履行。

(七)经济合同纠纷的调解、仲裁和诉讼。

(八)合同的日常管理。

(九)考核与奖惩。

(十)附则。

【法律依据】《工程施工合同管理制度》第一条，为加强集团公司合同及合同文件档案管理工作，维护企业自身合法权益，强化集团公司经营管理，适应市场经济竞争和发展的需求，制定本制度。