隐名股东保护自己的合法权益的方法如下：

1、采用书面协议明确显明股东和隐名投资者之间的权利义务关系；

2、争取与其他股东以及公司签订书面协议，明确各方对股权代持的知悉和同意；

3、积极参与公司管理，充分行使股东权利；等等。

【法律依据】

《公司法》第九十七条股东，股东有权查阅公司章程、股东名册、公司债券存根、股东大会会议记录、董事会会议决议、监事会会议决议、财务会计报告，对公司的经营提出建议或者质询。