民营企业自主创新成本的控制：

(1)节约材料消耗，降低直接材料费用。

(2)提高劳动生产率，降低直接人工费用。

(3)推行定额管理，降低制造费用。

(4)加强预算控制，降低期间费用。

(5)实行全面成本管理，全面降低成本费用水平。

【法律依据】

《私营企业暂行条例》第十五条，申请开办私营企业，必须持有关证件向企业所在地工商行政管理机关办理登记，经核准发给营业执照后，始得营业。