发现新型冠状病毒感染肺炎病例时疾病预防控制机构应当及时采取下列措施：传染病暴发、流行时，对疫点、疫区进行卫生处理，向卫生行政部门提出疫情控制方案，并按照卫生行政部门的要求采取措施。

【法律依据】

《传染病防治法》第四十条第二项规定，疾病预防控制机构发现传染病疫情或者接到传染病疫情报告时，应当及时采取下列措施：传染病暴发、流行时，对疫点、疫区进行卫生处理，向卫生行政部门提出疫情控制方案，并按照卫生行政部门的要求采取措施。