偷税罪认定的法律运用问题有：

(一)偷税罪认定的犯罪主体规定问题；

(二)偷税罪认定的主观故意判断问题。

【法律依据】

根据《刑法》第三十条，公司、企业、事业单位、机关、团体实施的危害社会的行为，法律规定为单位犯罪的，应当负刑事责任。

第十四条，明知自己的行为会发生危害社会的结果，并且希望或者放任这种结果发生，因而构成犯罪的，是故意犯罪。故意犯罪，应当负刑事责任。