处理自动离职争议的方式是职工自动离职给企业造成了损失，企业可以要求职工赔偿或交付违约金。自动离职是职工根据企业和自身情况擅自离职，而强行解除与企业的劳动关系的一种行为。

【法律依据】

根据《劳动合同法》第三十七条，劳动者提前三十日以书面形式通知用人单位，可以解除劳动合同。劳动者在试用期内提前三日通知用人单位，可以解除劳动合同。