同居生子分开时小孩的抚养权归属由人民法院根据子女的权益和双方的具体情况判决。

《婚姻法司法解释（二）》第一条规定，当事人起诉请求解除同居关系的，人民法院不予受理。

但当事人请求解除的同居关系，属于婚姻法第三条、第三十二条、第四十六条规定的有配偶者与他人同居的，人民法院应当受理并依法予以解除。

当事人因同居期间财产分割或者子女抚养纠纷提起诉讼的，人民法院应当受理。