孕妇旷工的处理是女职工在怀孕期间，享受特殊劳动保护，孕妇受保护不等于可以随心所欲，孕妇也应遵守员工手册规定，如果承担的工作不属于高劳动强度，而借请假之名从事其他活动，理应被视作旷工或违反纪律，企业可以通过仲裁或起诉的方式，终止与员工的劳动合同关系。
【法律依据】
根据《女职工劳动保护特别规定》第四条，用人单位应当遵守女职工禁忌从事的劳动范围的规定。用人单位应当将本单位属于女职工禁忌从事的劳动范围的岗位书面告知女职工。