预防商铺租赁合同纠纷的方式是：

1、确认房屋的用途和土地用途，必须确保房屋的类型为商业用房性质；

2、了解房屋权利人，以确保与房屋权利人或者其他由权利人签署租赁合同；

3、确定房屋是否已经存有租赁登记信息。

【法律依据】根据《城市房屋租赁管理办法》第五条，房屋租赁当事人应当遵循自愿、平等、互利的原则。