区别如下：

1.普通住宅项目初次购买和未来转让时契税为1.5%，而50年产权的住宅，其契税按3%缴纳。

2.五十年产权房，大多不能申请公积金贷款，但是也有少数项目在开发商的努力下能够办到。普通住宅可以申请公积金贷款。

【法律依据】

《城镇国有土地使用权出让和转让暂行条例》第12条，土地使用权出让最高年限按下列用途确定：

(一)居住用地七十年；

(二)工业用地五十年；

(三)教育、科技、文化、卫生、体育用地五十年；

(四)商业、旅游、娱乐用地四十年；

(五)综合或者其他用地五十年。