一是发行主体不同：公司债券目前仅能由上市的股份有限公司发行。
二是募集资金用途不同：企业债券的募集资金一般用于基础设施建设、固定资产投资、重大技术改造、公益事业投资等方面；而公司债券可根据公司自身的具体经营需要提出发行需求。
三是监管机构不同：公司债券的发行实行核准制，中国证监会审核发债公司的材料是否符合法律制度规定。而发行企业债则由国家发改委审批。
四是对信息披露要求的差异：企业债券的发行人没有严格的信息披露义务；公司债券发行人的信息披露较为严格。