工程合同违约时，可以采取以下措施进行处理：

1.协商解决：

双方应首先尝试通过协商来解决争议。这可以包括重新商定合同条款、调整付款计划或采取其他补救措施。

2.继续履行合同：

根据《中华人民共和国民法典》第五百七十七条，如果一方不履行合同义务或履行不符合约定，应承担继续履行等违约责任。因此，守约方有权要求违约方继续履行合同。

3.支付违约金和赔偿金：

如果合同中约定了违约金，违约方应按照约定支付违约金。同时，如果违约金不足以弥补守约方的损失，守约方还有权要求违约方支付额外的赔偿金。赔偿金的计算应依据《中华人民共和国民法典》第五百八十四条，即相当于因违约所造成的损失，包括合同履行后可以获得的利益，但不得超过违约一方订立合同时预见到或应当预见到的因违约可能造成的损失。

4.解除合同：

在某些情况下，如果违约行为严重到导致合同目的无法实现，守约方有权解除合同。合同解除后，根据《中华人民共和国民法典》第五百六十六条，尚未履行的部分应终止履行，已经履行的部分可以根据履行情况和合同性质采取恢复原状或其他补救措施，并有权请求赔偿损失。

5.其他法律措施：

如果协商和上述措施均无法解决问题，守约方还可以采取法律措施来保护自己的权益，如提起诉讼或申请仲裁。

综上所述，处理工程合同违约时，双方应首先尝试通过协商解决争议。如果协商无果，守约方可以根据合同约定和法律规定采取一系列措施来保护自己的权益，包括要求继续履行合同、支付违约金和赔偿金、解除合同等。

法律依据

《中华人民共和国民法典》第五百六十六条 【合同解除的效力】合同解除后，尚未履行的，终止履行;已经履行的，根据履行情况和合同性质，当事人可以请求恢复原状或者采取其他补救措施，并有权请求赔偿损失。
合同因违约解除的，解除权人可以请求违约方承担违约责任，但是当事人另有约定的除外。
主合同解除后，担保人对债务人应当承担的民事责任仍应当承担担保责任，但是担保合同另有约定的除外。

《中华人民共和国民法典》第五百七十七条 【违约责任】当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任。

《中华人民共和国民法典》第五百八十四条 【损害赔偿范围】当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定，造成对方损失的，损失赔偿额应当相当于因违约所造成的损失，包括合同履行后可以获得的利益;但是，不得超过违约一方订立合同时预见到或者应当预见到的因违约可能造成的损失。