公安扣押款的返还程序是否需要经过法院，取决于具体的情况和法律规定。根据《中华人民共和国刑事诉讼法》及相关司法解释，扣押款的返还通常有以下几种情形：

如果案件尚未进入审判阶段（即仍在侦查或审查起诉阶段），公安机关有权根据具体情况决定是否返还扣押款。但这一过程需要遵循严格的程序规定。

确认与案件无关：如果公安机关在侦查过程中确认扣押款与案件无关，或者确认该款项不属于违法所得，可以依法返还给原所有人。

嫌疑人主动退赃：如果嫌疑人主动退还非法所得，且经核实无误，公安机关可以在一定条件下返还给受害人。

书面通知：公安机关应当制作书面决定书，并通知当事人。

审批程序：返还决定一般需要经过内部审批程序，确保合法合规。

如果案件已经进入审判阶段，扣押款的返还通常需要经过法院的裁定或判决。

判决生效后返还：法院在作出判决时，会明确扣押款的处理方式。如果判决认定扣押款属于合法财产或应返还给受害人，法院会在判决书中予以明确，并由执行部门负责返还。

裁定返还：在某些情况下，法院可以根据当事人的申请或依职权作出裁定，要求返还扣押款。

法律文书：法院的裁定或判决是返还扣押款的依据，必须严格依照法律文书执行。

执行程序：返还工作通常由法院的执行部门负责，确保款项安全、准确地返还给权利人。

在某些特殊情况下，扣押款的返还可能涉及更复杂的程序：

行政复议或诉讼：如果当事人对公安机关的扣押决定不服，可以通过行政复议或提起行政诉讼的方式寻求救济。在这种情况下，返还程序可能会受到诉讼结果的影响。

国际司法协助：如果涉及跨国案件，扣押款的返还可能需要通过国际司法协助程序进行，这通常需要较长的时间和复杂的手续。

法律依据

《中华人民共和国刑事诉讼法》第一百四十四条 人民检察院、公安机关根据侦查犯罪的需要，可以依照规定查询、冻结犯罪嫌疑人的存款、汇款、债券、股票、基金份额等财产。有关单位和个人应当配合。
犯罪嫌疑人的存款、汇款、债券、股票、基金份额等财产已被冻结的，不得重复冻结。