关于一处宅基地上存在两处房屋的确权问题，需结合房屋合法性、分户条件及当地政策综合判断。以下是具体处理方式及流程：

一、确权基本原则

“一户一宅”原则

同一户家庭原则上只能拥有一处宅基地，但若因分户、继承等合法原因导致一处宅基地上存在两处房屋，需符合分户条件或继承规定。

合法建造前提

两处房屋均需为合法建造（已办理审批手续），且符合城乡规划和用地标准。

二、合法确权的情形

1. 分户后分别确权

适用条件：

家庭成员因子女成年、结婚等原因分户，且新户符合宅基地申请条件（如独立居住、户籍分开等）。

处理方式：

向村委会提交分户申请及户口簿、身份证等证明材料。

经乡镇政府审核批准后，两处房屋可分别确权至不同户名下。

2. 继承房屋导致确权

适用条件：

其中一处房屋为合法继承所得（如父母遗留房屋），继承人不违反“一户一宅”原则。

处理方式：

提供继承公证或法院判决书等材料，遵循“地随房走”原则确权。

若继承人已有其他宅基地，需协商保留一处（通常保留继承房屋对应的宅基地）。

3. 合法扩建或历史遗留房屋

适用条件：

房屋扩建部分符合当地规划，或属于历史遗留的合法建筑（如早年经村集体默许建造）。

处理方式：

补办用地审批手续，超面积部分按规定缴纳有偿使用费后可确权。

若不符合规划，仅对合法部分确权，超占部分标注“待处理”。

三、违规情形的处理

未经审批建造的房屋

若两处房屋均未办理审批手续，原则上不予确权，可能面临拆除或罚款。

若符合补办条件（如符合现行规划），需先接受处罚并补办手续后方可确权。

超面积占用宅基地

总面积超过当地标准的，仅对合法面积部分确权，超占部分在证书中注明“未确权”，未来需在翻建时退回。

法律依据

《中华人民共和国土地管理法》第六十二条 农村村民一户只能拥有一处宅基地，其宅基地的面积不得超过省、自治区、直辖市规定的标准。
人均土地少、不能保障一户拥有一处宅基地的地区，县级人民政府在充分尊重农村村民意愿的基础上，可以采取措施，按照省、自治区、直辖市规定的标准保障农村村民实现户有所居。
农村村民建住宅，应当符合乡(镇)土地利用总体规划、村庄规划，不得占用永久基本农田，并尽量使用原有的宅基地和村内空闲地。编制乡(镇)土地利用总体规划、村庄规划应当统筹并合理安排宅基地用地，改善农村村民居住环境和条件。
农村村民住宅用地，由乡(镇)人民政府审核批准;其中，涉及占用农用地的，依照本法第四十四条的规定办理审批手续。
农村村民出卖、出租、赠与住宅后，再申请宅基地的，不予批准。
国家允许进城落户的农村村民依法自愿有偿退出宅基地，鼓励农村集体经济组织及其成员盘活利用闲置宅基地和闲置住宅。