丈夫与第三者签订的补偿协议，原则上应认定为无效。

根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，我们可以从三个维度说明无效的理由：

违背公序良俗与法律原则

根据《中华人民共和国民法典》第一千零四十三条规定：家庭应当树立优良家风，弘扬家庭美德，重视家庭文明建设。夫妻应当互相忠实，互相尊重，互相关爱。丈夫与第三者的婚外关系本身违反了夫妻忠实义务，也违背了婚姻家庭领域的公序良俗；同时根据《中华人民共和国民法典》第一百五十三条规定：违背公序良俗的民事法律行为无效，因此以婚外关系为基础签订的补偿协议，因违反法律基本原则和公序良俗不具有法律效力。

侵犯夫妻共同财产权，超出丈夫有权处分的范围

根据《中华人民共和国民法典》第一千零六十二条规定：夫妻在婚姻关系存续期间所得的工资、奖金、劳务报酬，生产、经营、投资的收益等财产，为夫妻的共同财产，归夫妻共同所有，夫妻对共同财产，有平等的处理权。

如果协议约定补偿给第三者的款项使用的是夫妻共同财产，丈夫未经配偶同意，单方将大额共同财产赠与第三者，属于无权处分，侵犯了配偶的财产权益，该处分行为不发生法律效力。

哪怕补偿款使用的是丈夫主张的个人财产，基于协议本身建立在婚外不正当关系之上，依然因违背公序良俗无效。

不符合民事法律行为的生效要件

根据《中华人民共和国民法典》第一百四十三条，有效的民事法律行为需要满足“不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗”的条件，案涉补偿协议不符合该生效要件，因此不能产生法律效力。

固定证据：尽快收集补偿协议原件、转账记录、聊天记录等能够证明协议存在以及款项支付的相关证据，避免证据被销毁或隐瞒。

起诉追回财产：如果丈夫已经按照协议向第三者支付了款项，您作为配偶可以向法院提起赠与合同纠纷诉讼，要求第三者全额返还补偿款项，因为该赠与行为无效，第三者取得财产没有合法依据。

婚内权益保障：如果您不打算解除婚姻关系，也可以在留存证据后，依据《中华人民共和国民法典》的相关规定，在婚姻关系内通过协商或者诉讼的方式明确对该部分财产的权利，维护自身合法权益。

法律依据

《中华人民共和国民法典》第一百四十三条 【民事法律行为有效的条件】具备下列条件的民事法律行为有效：
(一)行为人具有相应的民事行为能力;
(二)意思表示真实;
(三)不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗。

《中华人民共和国民法典》第一百五十三条 【违反强制性规定及违背公序良俗的民事法律行为的效力】违反法律、行政法规的强制性规定的民事法律行为无效。但是，该强制性规定不导致该民事法律行为无效的除外。
违背公序良俗的民事法律行为无效。

《中华人民共和国民法典》第一千零四十三条 【婚姻家庭的倡导性规定】家庭应当树立优良家风，弘扬家庭美德，重视家庭文明建设。
夫妻应当互相忠实，互相尊重，互相关爱;家庭成员应当敬老爱幼，互相帮助，维护平等、和睦、文明的婚姻家庭关系。

《中华人民共和国民法典》第一千零六十二条 【夫妻共同财产】夫妻在婚姻关系存续期间所得的下列财产，为夫妻的共同财产，归夫妻共同所有：
(一)工资、奖金、劳务报酬;
(二)生产、经营、投资的收益;
(三)知识产权的收益;
(四)继承或者受赠的财产，但是本法第一千零六十三条第三项规定的除外;
(五)其他应当归共同所有的财产。
夫妻对共同财产，有平等的处理权。