在我国，离婚的法定办理方式分为协议离婚和诉讼离婚两种，男方不能生育并非法定的离婚禁止情形，也不属于法定直接判离的典型情形，核心判断标准仍是夫妻感情是否确已破裂，具体办理规则如下：

若夫妻双方就离婚本身、财产分割、债务承担等事项达成一致意见，可选择协议离婚，法律依据为《中华人民共和国民法典》第一千零七十六条：“夫妻双方自愿离婚的，应当签订书面离婚协议，并亲自到婚姻登记机关申请离婚登记。离婚协议应当载明双方自愿离婚的意思表示和对子女抚养、财产以及债务处理等事项协商一致的意见。”

办理时需注意：

离婚协议需明确载明双方自愿离婚的意愿，以及财产、债务的协商结果，避免后续纠纷；

需经过30天离婚冷静期，冷静期届满后30日内，双方需共同亲自到婚姻登记机关申请发给离婚证，未申请的视为撤回离婚登记申请。

若男方不同意离婚，或双方就财产等事项无法达成一致，可向法院提起离婚诉讼，法律依据为《中华人民共和国民法典》第一千零七十九条：“夫妻一方要求离婚的，可以由有关组织进行调解或者直接向人民法院提起离婚诉讼。人民法院审理离婚案件，应当进行调解；如果感情确已破裂，调解无效的，应当准予离婚。有下列情形之一，调解无效的，应当准予离婚：（一）重婚或者与他人同居；（二）实施家庭暴力或者虐待、遗弃家庭成员；（三）有赌博、吸毒等恶习屡教不改；（四）因感情不和分居满二年；（五）其他导致夫妻感情破裂的情形。一方被宣告失踪，另一方提起离婚诉讼的，应当准予离婚。经人民法院判决不准离婚后，双方又分居满一年，一方再次提起离婚诉讼的，应当准予离婚。”

针对您的情况需特别说明：男方不能生育不属于上述法定直接判离的前四项情形，若以此为由起诉离婚，法院会先进行调解；若能举证男方不能生育导致夫妻感情长期无法调和、确已破裂（例如因生育问题长期争吵、分居满2年等），调解无效后法院也可依据“其他导致夫妻感情破裂的情形”判决准予离婚。

证据留存：若选择诉讼离婚，建议留存男方不能生育的相关医疗诊断证明，以及双方因生育问题产生矛盾、感情破裂的沟通记录、分居证明等材料，辅助法院判断感情状况；

协议效力：若双方曾签订过以离婚为条件的财产协议但最终未完成离婚登记，根据《最高人民法院关于适用<中华人民共和国民法典>婚姻家庭编的解释（一）》第六十九条规定，该财产协议未生效，法院会依照民法典相关规定对财产和债务进行判决；若已完成离婚登记，离婚协议中关于财产、债务的条款对双方具有法律约束力。

法律依据

《《最高人民法院关于适用《中华人民共和国民法典》婚姻家庭编的解释（一）》》第六十九条 当事人达成的以协议离婚或者到人民法院调解离婚为条件的财产以及债务处理协议，如果双方离婚未成，一方在离婚诉讼中反悔的，人民法院应当认定该财产以及债务处理协议没有生效，并根据实际情况依照民法典第一千零八十七条和第一千零八十九条的规定判决。 当事人依照民法典第一千零七十六条签订的离婚协议中关于财产以及债务处理的条款，对男女双方具有法律约束力。登记离婚后当事人因履行上述协议发生纠纷提起诉讼的，人民法院应当受理。

《《中华人民共和国民法典》》第一千零七十九条 夫妻一方要求离婚的，可以由有关组织进行调解或者直接向人民法院提起离婚诉讼。 人民法院审理离婚案件，应当进行调解；如果感情确已破裂，调解无效的，应当准予离婚。 有下列情形之一，调解无效的，应当准予离婚： （一）重婚或者与他人同居； （二）实施家庭暴力或者虐待、遗弃家庭成员； （三）有赌博、吸毒等恶习屡教不改； （四）因感情不和分居满二年； （五）其他导致夫妻感情破裂的情形。 一方被宣告失踪，另一方提起离婚诉讼的，应当准予离婚。 经人民法院判决不准离婚后，双方又分居满一年，一方再次提起离婚诉讼的，应当准予离婚。

《《中华人民共和国民法典》》第一千零七十六条 夫妻双方自愿离婚的，应当签订书面离婚协议，并亲自到婚姻登记机关申请离婚登记。离婚协议应当载明双方自愿离婚的意思表示和对子女抚养、财产以及债务处理等事项协商一致的意见。