公司克扣工资的处理方式有：调解、仲裁、起诉。
一、公司克扣工资劳动者可以向调解组织申请调解。
（一）调解组织：
发生劳动争议，当事人可以到下列调解组织申请调解：
（1）企业劳动争议调解委员会；
（2）依法设立的基层人民调解组织；
（3）在乡镇、街道设立的具有劳动争议调解职能的组织。
（二）调解流程：
1、当事人申请劳动争议调解可以书面申请，也可以口头申请。
口头申请的，调解组织应当当场记录申请人基本情况、申请调解的争议事项、理由和时间。
2、调解劳动争议，应当充分听取双方当事人对事实和理由的陈述，耐心疏导，帮助其达成协议。
3、经调解达成协议的，应当制作调解协议书。
调解协议书由双方当事人签名或者盖章，经调解员签名并加盖调解组织印章后生效，对双方当事人具有约束力，当事人应当履行。
自劳动争议调解组织收到调解申请之日起十五日内未达成调解协议的，当事人可以依法申请仲裁。
4、达成调解协议后，一方当事人在协议约定期限内不履行调解协议的，另一方当事人可以依法申请仲裁。
5、因支付拖欠劳动报酬、工伤医疗费、经济补偿或者赔偿金事项达成调解协议，用人单位在协议约定期限内不履行的，劳动者可以持调解协议书依法向人民法院申请支付令。人民法院应当依法发出支付令。
二、不愿调解、调解不成或者达成调解协议后不履行的，可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。
申请劳动仲裁的程序：
（一）申请和受理
1、申请仲裁应当提交书面仲裁申请，并按照被申请人人数提交副本。
2、劳动争议仲裁委员会收到仲裁申请之日起五日内，认为符合受理条件的，应当受理，并通知申请人；
认为不符合受理条件的，应当书面通知申请人不予受理，并说明理由。对劳动争议仲裁委员会不予受理或者逾期未作出决定的，申请人可以就该劳动争议事项向人民法院提起诉讼。
（二）开庭和裁决
1、仲裁庭应当在开庭五日前，将开庭日期、地点书面通知双方当事人。当事人有正当理由的，可以在开庭三日前请求延期开庭。是否延期，由劳动争议仲裁委员会决定。
2、仲裁庭在作出裁决前，应当先行调解。
调解达成协议的，仲裁庭应当制作调解书。
调解书应当写明仲裁请求和当事人协议的结果。调解书由仲裁员签名，加盖劳动争议仲裁委员会印章，送达双方当事人。调解书经双方当事人签收后，发生法律效力。
调解不成或者调解书送达前，一方当事人反悔的，仲裁庭应当及时作出裁决。
3、仲裁庭裁决劳动争议案件，应当自劳动争议仲裁委员会受理仲裁申请之日起四十五日内结束。案情复杂需要延期的，经劳动争议仲裁委员会主任批准，可以延期并书面通知当事人，但是延长期限不得超过十五日。逾期未作出仲裁裁决的，当事人可以就该劳动争议事项向人民法院提起诉讼。
4、当事人对《劳动争议调解仲裁法》第四十七条规定以外的其他劳动争议案件的仲裁裁决不服的，可以自收到仲裁裁决书之日起十五日内向人民法院提起诉讼；期满不起诉的，裁决书发生法律效力。
5、追索劳动报酬，不超过当地月最低工资标准十二个月金额的争议，除《劳动争议调解仲裁法》另有规定的外，仲裁裁决为终局裁决，裁决书自作出之日起发生法律效力。
当事人对发生法律效力的调解书、裁决书，应当依照规定的期限履行。一方当事人逾期不履行的，另一方当事人可以依照民事诉讼法的有关规定向人民法院申请执行。受理申请的人民法院应当依法执行。
三、对仲裁裁决不服的，除劳动争议调解仲裁法另有规定的外，可以向人民法院提起诉讼。
劳动仲裁是解决劳动争议的前置程序，必须要先经劳动仲裁，如果对仲裁结果不服的，除《劳动争议调解仲裁法》另有规定的外，可以向人民法院提起诉讼。
起诉应当向人民法院递交起诉状，并按照被告人数提出副本。
起诉必须符合下列条件：
1、原告是与本案有直接利害关系的公民、法人和其他组织；
2、有明确的被告；
3、有具体的诉讼请求和事实、理由；
4、属于人民法院受理民事诉讼的范围和受诉人民法院管辖。
符合起诉条件的，应当在七日内立案，并通知当事人；不符合起诉条件的，应当在七日内作出裁定书，不予受理；原告对裁定不服的，可以提起上诉。
公司罚款的起诉流程有：
1、确定管辖法院，起诉前要确定的首要问题是向哪个法院起诉。原告可以在被告住所地人民法院起诉，被告住所地与经常居住地不一致的，向经常居住地人民法院起诉。
2、写起诉状，民事起诉状应当包含以下内容：
（1）原告、被告基本情况，原告明知被告下落不明的，应当在诉状中注明该情况，并尽可能提供被告的信息以及原户籍地；
（2）诉讼请求，内容应当具体明确，如系给付物的，应写明种类和数量；如系给付行为的，应写明为何行为或不为何行为；
（3）事实和理由，是民事诉讼原告对其诉讼请求的佐证和支持；
（4）署名和时间，由原告签名或盖章，并签署时间。
3、整理证据，如劳动合同，罚款记录等。
4、立案，即到管辖地所在地法院提交起诉状并提供证据。
5、交费，当事人应在收到受理通知书之日起七天内预交案件受理费和其他诉讼费用。
6、等候审理判决，立案手续后，案件由法院排期开庭，当事人应服从法院的各项工作安排。
7、申请强制执行，在判决生效后，判决书确定的履行期限届满，对方仍然没把钱全给你的，就可以向法院申请强制执行。

法律依据

《中华人民共和国劳动合同法（2012修订）》第七十七条 【工会监督检查的权利】劳动者合法权益受到侵害的，有权要求有关部门依法处理，或者依法申请仲裁、提起诉讼。