二者不同，使用范围不同，发票专用章不可替代财务专用章。一、发票专用章是指用发票单位和个人按税务机关规定刻制的印章，印章印模里含有其公司单位名称、发票专用章字样、税务登记号，在领购或开具发票时加盖的印章。发票专用章是指企业、单位和个体工商业户购买和开具发票时须加盖“发票专用章”。根据《中华人民共和国发票管理办法》第二十三条的规定，开具发票应当按照规定的时限、顺序，逐栏、全部联次一次性如实开具，并加盖单位财务印章或者发票专用章。
《国家税务总局关于修订的通知》第十一条规定，专用发票应按下列要求开具：（一）项目齐全，与实际交易相符；（二）字迹清楚，不得压线、错格；（三）发票联和抵扣联加盖财务专用章或者发票专用章；（四）按照增值税纳税义务的发生时间开具。

二、财务专用章又称财务印鉴章，适合财务章须硬质的材料如：牛角印章、黄铜印等。字体为宋体和隶书，印章尺寸大小由各市、县地方税局确定。正方形的财务专用章是对外使用需要备案的章，要到“中国人民银行”预留公司公章的印鉴和该印鉴，并要到公安机关备案，是对公司一个最基本的保障。内部所使用的财务专用章只是公司内部所使用，也需要到公安部门申请备案。2011年开始备案制度有所改变，财务专用章除了上述的要求外还需要把税号进行备案，并且财务专用章要求必须将公司的税号与公司名称等信息表现一起。用于单位或集团内内部的现金、银行收付业务（内部借款、往来结算）；单位对外的现金、银行收付业务（预留银行印鉴、支票、汇票、业务委托书等）、以及其他外部业务（如工商部门备案等用途）等。

所以，发票专用章是不可以代替财务专用章的。

法律依据

《中华人民共和国发票管理办法》第二十三条 安装税控装置的单位和个人，应当按照规定使用税控装置开具发票，并按期向主管税务机关报送开具发票的数据。 使用非税控电子器具开具发票的，应当将非税控电子器具使用的软件程序说明资料报主管税务机关备案，并按照规定保存、报送开具发票的数据。 国家推广使用网络发票管理系统开具发票，具体管理办法由国务院税务主管部门制定。