公司辞退怀孕员工补偿标准是：1.违法解除劳动关系赔偿金：相当于两倍的经济补偿金。2.怀孕、产期、哺乳期三期的工资。3.工资和加班工资(如有拖欠)应一并发放。

双方就辞退问题可以先协商处理，协商不成的，可以向劳动监察大队进行举报投诉，或者可以申请劳动仲裁的。

劳动监察大队是隶属于人力资源和社会保障局的事业单位，承担人力资源和社会保障局授权委托的指导开展劳动保障监察工作的行政职能和负责劳动保障监察经办工作。

仲裁，是指将争议提交给争议之外中立的第三方，由其对当事人的纠纷居中调解，并作出裁断的行为。劳动争议仲裁是仲裁制度中的一种，旨在解决劳动纠纷。申请劳动仲裁一般是需要向当地的劳动争议仲裁委员会进行申请的。申请人申请仲裁应当提交书面仲裁申请，并按照被申请人人数提交副本。申请书的内容应该包括：1.劳动者的姓名、性别、出生年月、民族、住址、联系电话。2.用人单位的名称、单位地址、法定代表人姓名、职务。3.仲裁请求和所根据的事实、理由。4.证据和证据来源、证人姓名和住所。5.致送单位名称。并且需要注意的是：劳动争议申请仲裁的时效期限为一年。仲裁时效期间从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。

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法律依据

《中华人民共和国劳动合同法》第四十七条 经济补偿按劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。 劳动者月工资高于用人单位所在直辖市、设区的市级人民政府公布的本地区上年度职工月平均工资三倍的，向其支付经济补偿的标准按职工月平均工资三倍的数额支付，向其支付经济补偿的年限最高不超过十二年。本条所称月工资是指劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资。

《中华人民共和国劳动合同法》第八十七条 用人单位违反本法规定解除或者终止劳动合同的，应当依照本法第四十七条 规定的经济补偿标准的二倍向劳动者支付赔偿金。