刑事案件搜查的程序：
1．搜查只能由公安机关或者人民检察院的侦查人员进行，其他任何机关、单位和个人都无权对公民人身和住宅进行搜查。搜查的对象，可以是犯罪嫌疑人，也可以是其他可能隐藏罪犯或者犯罪证据的人；可以对人身进行，也可以对被搜查人的住处、物品和其他有关场所进行。搜查的日的是发现和收集有关犯罪的证据，查获隐藏的犯罪嫌疑人。因此，不能为了其他目的而滥用搜查措施。
2．根据刑事诉讼法第135条的规定，任何单位和个人，有义务按照公安机关和人民检察院的要求，交出可以证明犯罪嫌疑人有罪或者无罪的物证、书证、视听资料等证据。
3．搜查时，必须向被搜查人出示搜查证，否则，被搜查人有权拒绝搜查。公安机关的搜查证，要由县级以上公安机关负责人签发。人民检察院的搜查证，要由检察长签发。但是侦查人员“在执行逮捕、拘留的时候，遇有紧急情况，不另用搜查证也可以进行搜查”。这里所说的紧急情况，在侦查实践中是指：
(1)身带行凶、自杀器具的；
(2)可能隐藏爆炸、剧毒等危险物品的；
(3)可能毁弃、转移犯罪证据的；
(4)可能隐匿其他犯罪嫌疑人的。在这些紧急情况下，来不及办理搜查的审批手续，所以，允许以拘留证、逮捕证进行搜查。
4．搜查的时候，应当有被搜查人或者他的家属、邻居或者其他见证人在场。
5．搜查妇女的身体，应当由女工作人员进行。搜查时，不得无故损坏被搜查人的财物。对搜查中发现的与案件无关的个人私生活情况，不得泄露。
6．搜查的情况应当写成笔录，由侦查人员和被搜查人或者他的家属、邻居或者其他见证人签名或者盖章。如果被搜查人或者他的家属在逃或者拒绝签名、盖章，应当在笔录上注明。
《刑事诉讼法》第一百三十六条 为了收集犯罪证据、查获犯罪人，侦查人员可以对犯罪嫌疑人以及可能隐藏罪犯或者犯罪证据的人的身体、物品、住处和其他有关的地方进行搜查。
第一百三十七条 任何单位和个人，有义务按照人民检察院和公安机关的要求，交出可以证明犯罪嫌疑人有罪或者无罪的物证、书证、视听资料等证据。
第一百三十八条 进行搜查，必须向被搜查人出示搜查证。
在执行逮捕、拘留的时候，遇有紧急情况，不另用搜查证也可以进行搜查。
第一百三十九条 在搜查的时候，应当有被搜查人或者他的家属，邻居或者其他见证人在场。
搜查妇女的身体，应当由女工作人员进行。
第一百四十条 搜查的情况应当写成笔录，由侦查人员和被搜查人或者他的家属，邻居或者其他见证人签名或者盖章。如果被搜查人或者他的家属在逃或者拒绝签名、盖章，应当在笔录上注明。