合同纠纷超过三年的，仍然可以起诉。

合同纠纷，是指合同双方当事人因为合同设立、履行、变更等产生的争议。出现合同纠纷，双方当事人可以协商解决，也可以向人民法院提起诉讼。合同一方当事人向法院提起诉讼，要受三年诉讼时效限制，超过三年的，对方获得诉讼时效抗辩权。因此，合同纠纷超过三年仍然可以起诉，但是会丧失胜诉权。

法律依据

《中华人民共和国民法典》第一百八十八条 【普通诉讼时效、最长权利保护期间】向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。
诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。法律另有规定的，依照其规定。但是，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护，有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。