首先，要审查违法建筑认定的合法性，按照现行法律的规定，只能是市县人民政府的规划建设主管部门认定厂房属于违法建筑，否则就涉嫌主体不适格。

其次，要审查行政机关在认定、拆除违法建筑之前是否尽了调查义务。根据《中华人民共和国行政处罚法》第36条的规定，行政机关在认定、处理违法建筑之前应该进行调查，比如确切的违法建筑面积、建筑时间、相应证据如照片等，否则就是违法。

次之，充分利用公民陈述申辩的权利，《中华人民共和国行政处罚法》第31条、41条的规定，行政机关在处理之前应该给予公民合理的陈述、申辩的权利，否则就剥夺了公民的权利。具体在案件中，就是是否在认定、处理违法建筑前通知公民进行陈述、申辩，是否给予了合理的时间等。

最后，如果厂房以违法建筑的名义被拆除，那么针对于强拆的行为，可以通过行政复议或者行政诉讼等途径来进行救济。如果强拆行为不具备前面的合法的认定违法的依据和法定程序来进行拆除的话，那么它的这个强拆的行为可能涉嫌违法，可以通过法律途径来救济。

法律依据

《中华人民共和国城乡规划法》第四十条 在城市、镇规划区内进行建筑物、构筑物、道路、管线和其他工程建设的，建设单位或者个人应当向城市、县人民政府城乡规划主管部门或者省、自治区、直辖市人民政府确定的镇人民政府申请办理建设工程规划许可证。 申请办理建设工程规划许可证，应当提交使用土地的有关证明文件、建设工程设计方案等材料。需要建设单位编制修建性详细规划的建设项目，还应当提交修建性详细规划。对符合控制性详细规划和规划条件的，由城市、县人民政府城乡规划主管部门或者省、自治区、直辖市人民政府确定的镇人民政府核发建设工程规划许可证。 城市、县人民政府城乡规划主管部门或者省、自治区、直辖市人民政府确定的镇人民政府应当依法将经审定的修建性详细规划、建设工程设计方案的总平面图予以公布。