公司克扣工资的处理方式有：调解、仲裁、起诉。
劳动者被克扣工资的仲裁时效，是一年，从劳动者知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。但是如果劳动关系仍存续的，劳动者应从劳动关系终止之日起一年内，申请仲裁。
用人单位克扣工资的，可以到劳动行政部门举报。 根据国家规定在仲裁或诉讼的时候，可以要求除在规定的时间内全额支付劳动者工资报酬外，还需加发相当于工资报酬百分之二十五的经济补偿金。 当事人确认未违法用人单位的规章制度，或者劳动者给用人单位造成损失，用人单位要求劳动者承担责任，扣除的工资超过当事人月工资的20%的，属于用人单位乱扣工资，当事人可以申请解除劳动合同和劳动关系，并要求经济补偿。
《中华人民共和国劳动法》的第五十条明文规定，员工薪酬应当按照每个自然月的时间流程，以法定货币的形式按时地支付给每个劳动者手中。 在此过程中，任何单位均不得以任何非合法合规的理由扣押或故意拖延劳动者应有的工资。 而何谓“克扣工资”呢？它指的是用人单位在未经合法合理原因的前提下，强制性降低或扣减本应支付给劳动者的工资福利待遇，也就是用人单位根据其与劳动者之间签订的劳动合同所规定的标准，应当全额支付给劳动者的所有劳动报酬。
解决步骤： 1、与用人单位协商。如果被克扣工资，可以先与用人单位负责人了解情况，询问原因，可以选择与负责人私下调解，协商解决。 2、向劳动纠纷调解委员会申请调解。 3、向劳动监察大队投诉。 4、向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。 5、仲裁后不服可向人民法院起诉。
用人单位克扣工资，劳动者可以： 一、向本单位劳动争议调解委员会申请调解； 二、到劳动行政部门举报（通常是劳动管理监察大队）； 三、也可以直接申请仲裁； 四、如果对仲裁结果不满意可以在拿到仲裁书后15天之内到法院起诉。
拖欠工资打12345管用。一般拖欠工资的，可以通过以下方式解决： 1.向劳动监察大队投诉。用人单位违反国家规定，拖欠或者未足额支付劳动报酬的，劳动者可以向劳动行政部门投诉，劳动行政部门应当依法处理。 2.劳动仲裁。发生劳动争议，当事人不愿协商、协商不成或者达成和解协议后不履行的，不愿调解、调解不成或者达成调解协议后不履行的，可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁；对仲裁裁决不服的，可以向人民法院提起诉讼。 3.向法院起诉。劳动者有欠条的，可以携带身份证、户口本、欠条、起诉状及副本向法院提起民事诉讼，法院判决用人单位支付欠款，但是单位仍不支付的，劳动者可以自判决书规定的期限届满后两年内向法院申请强制执行。 4.用人单位拖欠或者未足额支付劳动报酬的，劳动者可以依法向当地人民法院申请支付令，人民法院应当依法发出支付令。
公司合同书上写着半年内离职扣工资是不合法的。
若劳动者在试用期内突然离职，导致用人单位产生经济损失，那么他们应负责相关赔偿。 然而，员工与雇主可通过协商来确定是否需扣除部分工资进行赔偿，但如无特殊约定，则不应以此方式弥补损失。 此外，一般情况下，每月从员工工资中扣除的金额不得超过其当月薪资的20%。
中介扣工资可以通过以下途径解决： 可以解除劳动合同，并要求用人单位支付经济赔偿金； 可以到用人单位所在地的劳动与社会保障局去投诉； 可以到劳动与社会保障局去申请仲裁，通过法律途径解决。 一般情况下，只要用人单位收到传票，就会与劳动者协商解决了。
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