户口不在一起，想证明是亲生父子关系，方法有：
1、最有效、最直接的办法是：子女和父、母一起做亲子鉴定，合法鉴定机构的鉴定结论是最权威的证明。
2、还可以子女的出生证明来证明：出生证明上一般都填写有父母、子女的姓名、年龄、性别等，而且是医院在子女出生的当时发给，证明力也较强。
3、如果不是在医院出生、没有出生证明，可以找当时接生的产婆、子女和父母居住地的村委会或居委会、知情邻居给作证，不过，证人最好是无利害关系人、最好有2人以上。