不在一个户口本上有以下方法证明父子关系：1、如果当事人有《出生医学证明》的，可以用出生证明来证实两者之间的“父子”关系；2、可以去要求提供该证明的单位等指定的医院或者其他具有鉴定资质的鉴定机构出具“亲子鉴定证明”来证实双方之间存在的“父子关系”；办理亲子鉴定证明时，当事人应携带双方的身份证、社保卡等，根据工作人员的提示办理相关的手续（采集血样等）。3、去村或者居委开出证实父子关系证明，凭证明带上户口本到户口所在地派出所出意见，加盖派出所公章就可以了。
法律依据
《中华人民共和国民法典》第一千零七十三条 【亲子关系异议之诉】对亲子关系有异议且有正当理由的，父或者母可以向人民法院提起诉讼，请求确认或者否认亲子关系。
对亲子关系有异议且有正当理由的，成年子女可以向人民法院提起诉讼，请求确认亲子关系。
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