1、犯罪主体不同
挪用公款罪的主体为特殊主体，即具有国家工作人员身份。国家工作人员包括：国家机关中从事公务的人员;国有公司、企业、事业单位、人民团体中从事公务的人员;受国有单位委派到非国有单位中从事公务的人员;其他依照法律从事公务的人员。挪用资金罪的主体是公司、企业、或者其他单位的工作人员，但国家工作人员除外。
2、犯罪客体和犯罪对象不同
挪用公款罪侵犯的客体主要公共财产的所有权，同时在一定程度上侵犯了国家的财经管理制度。其侵犯的对象是公款和用于救灾、抢险、防汛、优抚、扶贫、移民、救济款物。挪用资金罪的客体是公司、企业或者其他单位的资金的使用权，其侵犯的对象是公司、企业或者其他单位的资金。