1.两者侵犯的客体不同。尽管两者侵犯的都是复杂客体，且都包括侵犯了财产所有权，但侧重点不同。合同诈骗罪侵犯的客体主要是合同监管制度;而贷款诈骗罪侵犯的客体则主要是金融管理秩序。
2.两者发生的场合不同。合同诈骗罪发生在签订、履行合同的过程中;而贷款诈骗罪发生在行为人向银行或其他金融机构贷款的过程中。
3.两者侵害的直接对象有所不同。合同诈骗罪直接侵害的对象是对方当事人的财物或者贷款;而贷款诈骗罪侵害的对象是银行或者其他金融机构的贷款。
法律依据：
《刑法》第一百七十五条
以欺骗手段取得银行或者其他金融机构贷款、票据承兑、信用证、保函等，给银行或者其他金融机构造成重大损失或者有其他严重情节的，处三年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金;给银行或者其他金融机构造成特别重大损失或者有其他特别严重情节的，处三年以上七年以下有期徒刑，并处罚金。
单位犯前款罪的，对单位判处罚金，并对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员，依照前款的规定处罚。