1、法律概念不同
劳动报酬仲裁时效，是根据劳动法律规范所规定的、劳动合同当事人认为其权利受到损害后，向劳动争议仲裁机构提出仲裁申请的法定期间;是在法定期间内不行使权利即丧失请求劳动争议仲裁机构依法保护其权利、并同时承担相应的法律后果的法律制度。劳动报酬诉讼时效是指权利人在法定期间内不行使权利即丧失请求人民法院依法保护其民事权利的法律制度。
2、法律根据不同
劳动报酬诉讼时效是民事法律关系当事人主张依法保护其民事权利的请求期间，来自民法的基本法。而申请劳动报酬仲裁的时效来自于劳动法律关系方面的法律、法规。在劳动法律关系方面的纠纷，应首先适用劳动法律关系方面的法律、法规。因此，对申请劳动报酬仲裁时效的运用，应以劳动法的相关规定为准。
3、适用的范围和对象不一致
劳动报酬诉讼时效适用于广泛的民事纠纷的诉讼案件，是民事审判活动中应当考虑的一种期间;根据当事人是否在此期间主张其民事权利的事实，来考察该当事人的民事权利是否在法律保护的时间范围。申请劳动报酬仲裁的时效的应用范围是劳动法律关系，适用对象是劳动法律关系的当事人;是当事人之间因劳动关系发生争议时，当事人根据相关规定向劳动争议仲裁机构申请仲裁裁决的法定期间;超过此期间，仲裁机构则不再受理，也就失去了法律保护的基础。