补休代替加班工资是否违法需要具体分析，单位用补休代替加班费的，通常只适用与休息日安排加班的情况，要是在平常安排加班或法定节假日安排加班的话，则不能用补休替代加班费，否则的话这样就是不合法的根据《劳动法》规定，休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资%的工资报酬。