因档案问题被单位克扣工资是不合法的工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。 《劳动合同法》第八十五条第一项规定，用人单位未按照劳动合同的约定或者国家规定及时足额支付劳动者劳动报酬的，由劳动行政部门责令限期支付劳动报酬、加班费或者经济补偿；劳动报酬低于当地最低工资标准的，应当支付其差额部分；逾期不支付的，责令用人单位按应付金额百分之五十以上百分之一百以下的标准向劳动者加付赔偿金。