一般来说是在工伤认定过程中申请的。工伤认定程序中，劳动关系争议已经仲裁裁决的，工伤认定应以裁决为基础；工伤认定中当事人未申请仲裁的，应告知当事人有权申请仲裁，被受理后工伤认定中止，待裁决作出后恢复认定程序；如果在工伤认定中，当事人经告知后不申请仲裁的，可委托仲裁机构出具意见，之后当事人不得就劳动关系的存否再申请仲裁，也不得对该仲裁机构的意见提起民事诉讼。相对人不申请仲裁的，不影响工伤认定程序的进行，劳动关系仲裁并非工伤认定的前置程序。
相对人可以向工伤认定机构所在的劳动社会保障部门仲裁机构，或所在辖区的县级仲裁机构，申请对劳动关系进行仲裁。