无民事行为能力人只能通过法院诉讼离婚，不能通过民政局协议离婚；而且必须由监护人作为法定代理人提起离婚诉讼。

无民事行为能力人的离婚程序
1、只能通过法院诉讼离婚，不能通过民政局协议离婚。

《婚姻登记条例》第十二条的规定：办理离婚登记的当事人有下列情形之一的，婚姻登记机关不予受理：“属于无民事行为能力人或者限制民事行为能力人的”。根据该规定，无民事行为能力人或者限制民事行为能力人不能通过协议离婚，当然包括不能由无民事行为能力人法定代理人代理签订离婚协议，进行协议离婚，只能通过诉讼离婚。
2、必须由监护人作为法定代理人提起离婚诉讼。

无民事行为能力人由于不具备民事行为能力，其诉讼只能由监护人作为法定代理人代为诉讼。另因诉讼冲突，故需由其配偶之外的监护人作为法定代理人进行诉讼。
3、离婚诉讼只能判决离婚，不能调解离婚。

离婚诉讼属于身份关系诉讼，必须由离婚当事人表明是否愿意离婚，诉讼代理人无权表示离与不离的意见，而无民事行为能力人的离婚当事人无诉讼行为能力，无法正确表达意愿。因此，这类案件应由人民法院判决，以判决的形式结案。

无行为能力人的法定代理人可以代理起诉离婚，但不能代理决定离婚。起诉离婚是一种程序上的权利，是一种请求权，即请求司法保护的权利，能不能实现这种请求权，由司法机关审查决定。同意离婚或不同意离婚，则是实体上的权利，只能由当事人自己决定，他人不能代理。由于无民事行为能力人不能正确表达意志，必须由法院根据具体情况判决决定。

对于诉讼代理人与对方协商，达成协议的，人民法院应审查协议的内容是否合理保护了无民事行为能力人的利益，防止无民事行为能力人的利益受到侵犯。对于协议内容合法的，根据协议内容制作判决书，以判决的形式结案。