建设用地使用权消灭的情况主要包括：建设用地使用权期间届满、建设用地使用权提前收回以及因自然灾害等原因造成建设用地使用权灭失等情形。

建设用地使用权消灭后，出让人应当及时办理注销登记。根据相关法律规定，县级以上人民政府依法收回国有土地使用权的。

土地管理部门在收回土地使用权的同时，办理国有土地使用权注销登记，注销土地证书。