水利建设专项收入的提取标准为按当年累计销售收入的一定比例计算。各地政府所规定的标准不一致，如长沙市为万分之六，每年4月30日之前由地方税务局负责对一年度的进行清算和收缴。

法律依据：根据《国家税务总局关于扩大有关政府性基金免征范围的通知》第一条规定：将免征教育附加、地方教育附加、水利建设基金的范围由现月销售额或营业额不超过三万；

季销售额或营业额不超过10万的缴纳义务人扩大到月销售或营业额不超过10万，季销售额或营业额不超过30万的缴纳义务人。