工程审计的流程如下：

一、资料收集、审前调查：

1、接收；

2、登记；

3、调查。

二、审计准备：

1、主审制定审计方案(可采取表格式或文本式)；

2、主审负责草拟审计通知书(含承诺书、提供资料清单、审计公示、廉洁反馈单)；

3、分管局长签发。

三、审计实施；

四、审计结案：

1、主审对审计结果草拟审计报告征求意见稿，并将审计资料整理后一并送达科室负责人审核；

2、草拟的审计报告经分管局长审核后送达被审计单位征求意见；

3、主审负责填写审计报告反馈意见说明书；

4、主审负责编写正式审计报告和审计决定；

5、科室负责人负责填写审计报告审核意见书；

6、递交法制部门复核；

7、主审负责审计结果文书的送达及审计决定执行事项；

8、由主审将审计结果文书送达科室统计员进行统计和上报；

9、审计回访。

五、审计档案：

1、审计主审负责项目立档，装订前由档案专管员负责进行审核；

2、原则上每季度将结案的项目立档存放。