房产证登记在小三名下，房子是要不回了，但可以要回购房款。

正室可以通过银行转帐清单、证人等方式确定是配偶出资缴纳首付、税费、还贷；

由于上述款项是夫妻共同财产，未经正室同意，配偶的单方赠与行为无效，据此要求小三返还购房款。

【法律依据】

《房屋登记办法》

在本省行政区域内的房屋登记和管理适用本细则。本细则所称房屋包括建筑物、构筑物及特定空间。本细则所称房屋登记，是指房地产管理部门依法将房屋权利和其他应当记载的事项在房屋登记簿上予以记载的行为。