有限公司股东变更程序是：

1、申报资料。

2、股权转让协议书。

3、新股东的主体资格证明或自然人的身份证明。

4、视受让方资格的不同应提交的其他材料。

5、视出让方资格的不同应提交的其他材料。

6、原营业执照正副本。

《公司法》第一百三十八条，股东转让其股份，应当在依法设立的证券交易场所进行或者按照国务院规定的其他方式进行。

第一百四十条，无记名股票的转让，由股东将该股票交付给受让人后即发生转让的效力。