工程质量问题处罚方式是：罚款，行政拘留，责令停业整顿，吊销企业营业执照。
《建设工程质量管理条例》第五十九条，违反本条例规定，建设工程竣工验收后，建设单位未向建设行政主管部门或者其他有关部门移交建设项目档案的，责令改正，处1万元以上10万元以下的罚款。
