检察院自侦案件办案程序是：

1、由侦查部门制作《起诉意见书》或《不起诉意见书》，连同其他案卷材料一并移送审查起诉部门。

2、审查起诉部门进行审查，再根据审查起诉的程序，作出提起公诉或不起诉的决定。

3、侦查终结，应当撤销案件的，侦查部门应当制作《撤销案件意见书》。

《刑事诉讼法》第十九条，刑事案件的侦查由公安机关进行，法律另有规定的除外。

人民检察院在对诉讼活动实行法律监督中发现的司法工作人员利用职权实施的非法拘禁、刑讯逼供、非法搜查等侵犯公民权利、损害司法公正的犯罪，可以由人民检察院立案侦查。

对于公安机关管辖的国家机关工作人员利用职权实施的重大犯罪案件，需要由人民检察院直接受理的时候，经省级以上人民检察院决定，可以由人民检察院立案侦查。

自诉案件，由人民法院直接受理。