工程合伙人纠纷处理方法：

1、引导当事人恰当行使诉权。

2、指定成立清算组限期清算。

3、法院依职权委托审计。

4、就明确部分财产或利润先行分割。

5、参照合伙企业法、破产法的规定启动和组织清算。

《合伙企业法》第九十六条，合伙人执行合伙事务，或者合伙企业从业人员利用职务上的便利，将应当归合伙企业的利益据为己有的，或者采取其他手段侵占合伙企业财产的，应当将该利益和财产退还合伙企业；给合伙企业或者其他合伙人造成损失的，依法承担赔偿责任。