开发商违约申请退房，有约定的补偿的标准就要按照按购房合同上的补偿标准去办理。

根据《合同法》以及最高院《商品房买卖合同纠纷解释》的有关规定，出卖人延期交付使用房屋的，应当支付违约金或者赔偿损失;

商品房买卖合同没有约定违约金数额或者损失赔偿额计算方法的，可以按照延期交付使用房屋期间有关主管部门公布或者有资格的房地产评估机构评定的同地段同类房屋租金标准确定。