工程合同中的工期纠纷是发包人来抗辩承包人请求支付工程进度款或结算的一个主要理由就是承包人承担工期延误违约金。

解决方法：

1、通过仲裁的方式解决争议：采用仲裁方式解决争议，应当双方自愿，达成仲裁协议。

2、向有管辖权的人民法院起诉解决争议：当合同中约定。

【法律依据】

《关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第八条，承包人具有下列情形之一，发包人请求解除建设工程施工合同的，应予支持：

(一)明确表示或者以行为表明不履行合同主要义务的;

(二)合同约定的期限内没有完工，且在发包人催告的合理期限内仍未完工的;

(三)已经完成的建设工程质量不合格，并拒绝修复的;

(四)将承包的建设工程非法转包、违法分包的。